现在的东湖医院占地面积2.6万平方米，有门诊部、20多层的住院楼、肝病研究所、宿舍楼等，承担着深圳市传染病的临床医疗、教学和科研任务，成为深圳、香港、澳门、珠海地区唯一的市属传染病专科医院。

医院现有各类专业技术人员270人，其中主任医师19人，副主任医师69人，博士后1人，博士10人，硕士35人，博士生导师2人，硕士生导师11人，享受国务院政府津贴专家3人，省、市学科带头人8人。广东省“五个一工程”传染病学术带头人1人，中国中西医结合传染病学会主任委员1名，广东省传染病与寄生虫学会副主任委员1名，深圳市传染病与寄生虫学会主任委员1人，广东省中西医结合学会肝病委员会副主任委员1名，中华医学会深圳分会医院感染学会主任委员1人。

医院现有门诊部、住院部、体检中心和医技科室。住院部设有肝病科(内含重肝病中心、中西医结合肝病区、普通肝病区、特诊肝病区六个病区等)、感染病科(内含感染病区与艾滋病区)，肺病科(内含肺结核与呼吸内科病区)，门诊部按二级综合医院要求设置，含内、外、妇、儿、中医、皮肤、康复理疗、骨科等，住院部按传染病三级医院标准设置。医技科室有检验、B超、放射科等。

1996年以东湖医院为依托成立深圳市肝病研究所，设有分子生物室、病毒室、免疫室、病理室、细胞室等。